Brain Information Flow Diagram (BIF)

WBAIでは、全脳アーキテクチャを記述・共有するための形式としてinformation flow diagramの一種である Brain Information Flow Diagram (BIF) を提唱しています。

概要

BIFは大まかにいって、複数の Circuit とそれらの間の Connection からなります。
Circuit は、ニューロンの集団や脳内の海馬のような器官、さらには(一定の機能を果たすための)複数の脳器官からなる回路に対応します。
BIF

BIFオントロジー

BIFの要素は以下のようなクラスとプロパティを持つ オントロジー により定義されます。
Circuits and Connections are normally defined as classes rather than instances.
(BIFオントロジーのOWL形式ファイルはこちら)

Circuit

脳領域または脳器官の1つ以上の集まり
以下のプロパティを持ちます。

  • names: 名前リスト
  • hasPart: 包含する Circuit
  • functionality: 機能の記述
  • reference: 参照文献リスト
  • implementation: URL(実装へのポインタ)のリスト
  • uniform: 真理値(True iff 下位構造を持たず、唯一の出力を持つ)
  • taxon: Taxon(動物種)(option/複数指定可)

UniformCircuit

下位構造を持たず、唯一の出力を持つ Circuit のサブクラス

  • uniform: True

Circuit のプロパティの他、以下のプロパティを持ちます。

  • size: 自然数(細胞数など)
  • transmitter: 神経伝達物質
  • modType: Excitatory, Inhibitory, Modulatory

Connection

Circuit 間の接続で、以下のプロパティを持ちます。

  • inputCircuit: Circuit
  • outputCircuit: Circuit
  • transmitter: 神経伝達物質
  • functionality: 機能の記述
  • reference: 参照文献リスト
  • size: 自然数(アクソン数など)
  • taxon: Taxon(動物種)

NeuroTransmitter

神経伝達物質:ドーパミンなど

BIFデータの作成

BIFデータの作成についてはこちらを参照ください。